Gracias a unas afiladas katanas, podremos «hacer frente» a multitud de frutas que irán apareciendo propulsadas por unos cohetes, donde nuestro objetivo será cortarlas por la mitad impidiendo que toquen el suelo e ir consiguiendo una mayor puntuación mientras vayamos cortando más y más frutas.
Kiwis, peras, manzanas y todo tipo de variedades de fruta serán las que tengamos que cortar en pedazos dentro de diferentes modos de juego de Ninja Fruit, dependiendo del modo que escojamos entre «Zen», «Arcade» o «Survival», tendremos más o menos posibilidades de sobrevivir, dándonos más o menos oportunidades de que una fruta toque el suelo.